En 1930, la profession bancaire met en place une instance d'organisation et de normalisation, le Comité Permanent d'Organisation Bancaire (CPOB), sous forme d'association professionnelle régie par la Loi du 1er juillet 1901 relative au contrat d'association.
En juillet 1942, le CPOB est dissous en vertu de la Loi du 13 juin 1941. Il est remplacé par le Sous-Comité d'Etudes Techniques et de Normalisation Bancaire. Ce dernier prend ensuite le nom de Comité d'Etudes Techniques et de Normalisation Bancaire (CETNB) et est placé sous l'égide de l'Association Professionnelle des Banques. C'est en 1979 que le Comité prend la dénomination de CFONB.
La Banque de France a assuré la présidence de cet organisme jusqu'en 2002. Il est depuis présidé par une banque.
Association de fait depuis 1942, le CFONB est devenu le 16 décembre 2008 une association professionnelle régie par la Loi du 1er juillet 1901 relative au contrat d'association.
Presque 100 ans après sa création, le CFONB a su conserver, sous des formes différentes, sa finalité principale, à savoir la mise en oeuvre d'une interbancarité efficace par le biais de la standardisation des procédures.